これまで公益法人はその公益性・非営利性ゆえに税務上の優遇措置や社会的信用を得ていましたが、本来の目的を逸脱した営利追求型公益法人や休眠法人の存在が問題となり、更には天下り問題や様々な不祥事を契機として、公益法人制度が見直されました。

新公益法人制度の特徴

登記のみの簡便な設立手続き

公益性の有無に関わらず、登記のみで簡単に設立できる一般的な非営利法人制度（一般社団法人・一般財団法人）が創設されました。非営利法人として認められた一般公益法人には、税務上の優遇措置も認められています。

公益事業を主たる目的とする法人に対しては公益認定制度がある

民間有識者による公益認定等委員会の意見に基づき、公益法人認定制度が創設されました。一般社団法人・一般財団法人としての、法人格の取得は簡単な設立手続きのみとなりますが、公益社団法人・公益財団法人となるには、委員会の公益性の認定を受ける必要があります。（その分、公益社団法人・公益財団法人には高い社会的信用や税務上のメリットが適用されます。）

現行の公益法人の移行

旧法の下で成立していた公益法人は、2008年12月1日からは特例民法法人となります。2008年12月1日から5年間の間に、公益社団法人・公益財団法人への移行の認定申請を行うか、一般社団法人・一般財団法人への移行認可申請を行わなければなりません。

移行期間に移行が認められなかったり、申請を行わなかった法人は、移行期間満了の日に解散したものとみなされます。